一般情况下，出现长期的消化不良，需要针对具体的原因进行治疗，比如功能性的和器质性的。具体分析如下：
如果有幽门螺感菌感染，可以口服奥美拉唑、h2受体阻断剂西米替丁、促胃肠动力药物多潘立酮片、四联疗法、保持心情愉悦、失眠者等。消化性溃疡、胃癌、胆囊炎等是器质性消化不良，需要到正规的医疗机构进行治疗，这样才能改善消化不良的情况。
三个月的宝宝出现消化不良的情况，可以通过以下方法缓解：
1、按摩腹部。可以顺时针按揉上腹部，使其具有一定的穿透性，有利于肠道的蠕动影响。可以通过滴眼液。
2、服用药物。可以通过口服干草二联杆菌等的益生菌来调理肠道菌群，帮助消化吸收食物。
3、更换奶粉。婴幼儿使用的奶粉中含有大量的油脂，很有可能会导致消化不良，可以通过更换配方来缓。
宝宝消化不良的症状主要有恶心、干呕、呕吐、上腹部不适、食欲不佳、不愿意吃东西，其次大便次数增多，每天2-3大便，大便性状比较稀，或看到明显的食物没有完全消化的残渣。
出现了消化不良的情况要注意多给宝宝喂水，减少辅食的摄入量，尽量吃米粥，烂面条等消化易吸收的食物，不要吃干果，肉类，鸡蛋白等不容易消化的食物，以防加重消化不良的情况。
消化不良宝宝应避免进食，可以服用药物改善症状。
孩子的消化不良主要是因为饮食方面的原因，如：暴饮暴食、胡乱喂孩子等，容易造成孩子的消化系统出现问题，增加胃肠的负荷，从而影响到孩子的消化。如果出现了这个症状，可以口服妈咪爱或小儿消积冲剂，这样有助于宝宝的消化功能恢复，同时还可以多吃含有丰富的维生素，例如果汁等。
推拿按摩可以帮助宝宝有效的缓解消化不良的症状。
宝宝消化不良可能是喂奶过多、胃肠蠕动国内较弱、辅食不易消化等因素导致的，通常可以通过小儿推拿来缓解。通过对宝宝身体上进行推拿，刺激穴位，帮助胃肠蠕动，缓解不适症状。
建议在日常按宝宝生长情况进行喂食，不要一次性喂太多，也不要过早喂辅食，避免宝宝消化不良。
宝宝消化不良推拿的方法主要有:
一、按揉推四横纹，四横纹在手掌中、食指、无名指、小指的第一间关节横纹，左手握住小儿手指，右手食指或中指指端按揉四横纹穴大概23分钟，可以推四横纹穴，用右手拇指从小儿食指横纹处推向小指横纹，50-100次。
二、按揉推板门穴，板门穴在小孩手掌大鱼处，左手握着小儿手指，右手拇指蘸骨石粉按摩板门穴，顺逆时针都可以，还可以用推法，拇指指根推向腕横纹，可以止腹泻。
三、推脾经穴，脾经穴在小孩拇指桡侧面，左手无名指或中指夹往小孩左手食指，用拇指与中指捏住小儿拇指，用右手拇指蘸骨石粉直推小孩脾经穴，从拇指指尖推向拇指根，推50-100次，单方向推不要来回推。