对于脑干脑炎的患者，要先确定病因，其次要找到病因，比如病毒脑炎，霉菌性脑炎，细菌性脑炎，寄生虫性脑炎，免疫系统脑炎等。
要做好颅内核磁共振和脑脊液的病理检查和细胞学检测，明确病因，采取降颅压、抗感染、激素、免疫抑制剂等药物进行治疗，对于脑干脑炎要进行及时的处理，以免导致呼吸、心脏停止、各种并发症的发生。
脑炎主要表现为：高烧、头疼、身体疼痛、恶心、呕吐，甚至会有晕眩、抽搐等。对脑炎的治疗应采取对症下药，如果病人有高热，可以通过物理降温和退烧来进行缓解，如果病人有晕厥症状，可以服用一些止吐的药物，如果病人处于昏迷状态，要保持呼吸道畅通，以免窒息。
除对症治疗之外，还需要根据病因进行治疗，比如细菌性感染，可以用抗生素进行药物治疗，病毒性感染引起的脑炎要进行抗病毒治疗，结核性的脑炎要用抗结核药物。除了用药之外，还要多吃一些易消化的食物，避免出现恶心的情况。
脑炎可以配合吃一些药物进行治疗，也可以采用中药的方法，中药比较温和，但是在治疗的同时，也要在生活中养成良好的习惯，注意保暖，尤其是自己的生活一定要注意休息，不要熬夜，保持充足的睡眠，吃一些营养物质比较高的食物有利于身体的恢复。
需根据患者的病情进行针对的治疗。患者如是因为自身免疫性引起的脑炎，可以通过激素治疗、免疫球蛋白治疗，免疫调节治疗等。如果是病毒感染导致，需要进行抗病毒治疗。
免疫疗法：高效价免疫丙种球蛋白每日肌注，至体温降至38℃以下停用。药物治疗：疗程视病情而定，早期应用，可防止病毒穿入细胞，使人体细胞产生抗病毒蛋白，抑制病毒在体内复制。
