口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡在一周左右就可以自行痊愈，还可以往溃疡的地方局部涂抗炎类药物，多吃白菜，白菜中含有维生素对口腔溃疡具有疗效。木耳具有抗溃疡作用，所含的营养物质可以促进溃疡面愈合。
儿童口腔溃疡治疗需要找出诱因，排除可能的致病因素。
需要增强儿童体质，减轻局部症状，促进溃疡愈合，刷牙时要注意避免口腔溃疡，选择软毛牙刷。要多喝水，多吃新鲜蔬菜和水果。饮食方面要注意清淡，注意大便通畅，避免偏食。同时需要注意维生素的补充，可以通过多吃新鲜的水果和蔬菜缓解临床症状。平时还需注意养成规律的生活作息，避免对身体造成影响，降低口腔溃疡出现的概率。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
出现口腔溃疡等引起来的不适一般和维生素的缺乏免疫力下降，以及近段时间口腔过锐的牙齿残根不良刺激物的刺激等都有一定的关系。这段时间注意多休息，不要熬夜，少吃辛辣刺激性的食物，多吃些新鲜的瓜果蔬菜，尽早及时的治疗牙龈炎和龋齿，有时间还是多到户外活动，增强自身的免疫力。