肛周脓肿的治疗主要是引流换药，避免形成肛瘘，脓肿已经破溃，医院的肛肠科治疗，彻底清除坏死组织，用无菌纱布由内而外填塞，使肉芽组织由内而外生长，更换坐姿，注意肛周卫生。平时注意饮食清淡，不吃辛辣刺激食物，戒烟戒酒。
这个是不会自愈的，自愈的可能性是比较小的，因为长期的肛周脓肿如果不进行治疗的话，还可能会诱发一些肛门的疾病，因为它主要还是以疼痛为主，小儿肛周脓肿如果是浅部脓肿，而且范围比较小是可以自愈的。但是一定要避免引起，肛周脓肿加重的原因，如果小儿是腹泻比较严重，要积极的治疗腹泻。
肛周脓肿可以做收缩肛门的运动，也叫提肛运动。肛周脓肿手术后头几天还是要尽量少运动，多卧床休息。这种运动对于卧床，久坐的白领，久站的劳工等都有好处，平时要注意卫生。
肛周脓肿自己破了并不是好了，反而是病情加重的表现，主要与细菌繁殖、局部的炎症加重、平时没有做好护理措施有关系。一旦出现这种很难自行痊愈，病人的伤口在平时会出现源源不断的流脓现象，比如全身感染等，导致身心健康都受到很大影响。
考虑是否有排便过于用力的情况，建议应该多喝水，避免太过干燥从而会导致肛门内出血，肛门脓肿主要就是肛门周围肿胀，疼痛并且伴随有脓性分泌物，所以手术之后如果有感染可能也会引起出血的，可以医院进行治疗。