病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。
多吃润肠通便的果蔬，例如苹果、香蕉、梨等、冬瓜、香蕉、黑芝麻油，蜂蜜水等。为了促进肠蠕动还可喝酸奶，多食含膳食纤维丰富的食物，例如麦麸、豆类等。忌食有刺激性的食物，如酒类，辣椒，海鲜等。
肛瘘是一种比较常见的疾病，一般分为内口、外口和窦道组织，多数是因为肛腺感染以后形成的窦道。肛瘘一旦发生，如果想治疗，需要手术治疗，如果在肛瘘的早期，可以经过非手术治疗控制感染，减轻症状。经常用温盐水或者1∶500消炎溶液坐浴，也可以用中药进行熏洗，起到清热利湿、消肿抗炎的作用。
瘘管排脓较多，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成。瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升，以后封闭的瘘口破溃，又排出脓液，也可从瘘口排出气体或粪便。
肛瘘并非要全部手术治疗，可以中医保守治疗避免手术，排除脓血和腐肉，愈合好内口和外口可以恢复很好的，饮食多注意不吃辛辣刺激性食物和牛羊肉和海鲜，酒要先禁止引用。肛瘘的早期症状大多会表现在肛周脓肿上，有些有内口、外口，有些表现症状没有，但能摸到瘘管，大多都是直肠壁感染形成的，肛周脓肿不一定都是肛瘘的，早期的及早治疗可以避免诱发肛瘘。