首先一定要多注意休息，避免过度劳累，尽量多卧床休息，定期的到医院复诊复查，给予相应的处置。同时一定要注意自己的饮食，不要吃辛辣刺激的食物，不要吃油腻大的食物，多吃青菜水果类食物，一定要保证大便通畅，每日药物坐浴。
肛瘘最主要的治疗办法是进行手术，由于属于一种慢性感染性疾病，治疗周期比较长，很容易出现复发，通常是由于急性肛周脓肿，没有得到及时或者有效的治疗转变而来的，也有一些是患有肠道的慢性炎症性疾病，出现了肛周的反复的瘘口，手术以后，换药也非常关键，注意局部卫生，坚持坐浴。
存在肛瘘这种疾病，尽快的早期手术。肛瘘可以大致分为两种，一种是低位的简单肛瘘，这种肛瘘可以通过手术直接把瘘道切开，然后处理内口，伤口愈合彻底，这种病就可以彻底的治疗好。
肛瘘手术包括肛瘘切除术、肛瘘切开引流术及肛瘘挂线术几种。肛瘘手术后换药可能出现不同程度疼痛，病情比较简单的肛瘘手术，伤口创面相对比较小，疼痛症状也轻，可以耐受。病情比较严重的肛瘘，可能有多个伤口和创面，换药时疼痛相对明显一些。
找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净。肛瘘手术时，应明确诊断。查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环。以维持正常的肛门括约功能，肛瘘是复杂的肛肠疾病。所以要去正规的肛肠医院治疗，及时手术。
肛瘘手术后彻底愈合需要一个月的时间，在手术后需要注意清洁以及感染的问题，手术后一个月内，要少吃或不吃辛辣刺激性食物。应当要尽量多休息，避免长时间的久坐，适当的可以进行一些体育锻炼，加速局部血液的循环，这对病症恢复也是极为有利的。