新生儿肾积水取决于肾积水的严重程度。如果有少量肾积水，如果基因染色体正常，肾积水会慢慢自行愈合。如果有大量积水，并且遗传染色体异常，则需要积极的对症治疗。有必要考虑去大医院治疗，并根据医生的建议进行对症治疗。
新生儿轻度肾积水需要根据导致肾积水的病因来给予治疗。如果是肾结石引起的，可以给予药物排石，体外冲击波碎石以及经皮肾镜取石术；如果是前列腺增生引起的，需要给予前列腺电切或者前列腺手术来治疗。
经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石的目的。手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。
手术治疗，对于比较严重的肾积水致患侧肾功能全部丧失或有严重感染积脓，但对侧肾功能良好，可行患肾切除术。经皮肾镜取石术，是通过经皮肾穿刺造瘘所创建的通道，经X线荧光透视监控，在内腔肾镜直视下借助碎石和取石器械达到去除结石。
体外冲击波碎石，是利用体外冲击波聚焦后击碎体内的结石，使之随尿液排出体外。优点是不需麻醉、不需手术；手术治疗，肾积水进行性加重，临床症状明显，肾功能不断下降，梗阻病因明确，有并发症存在，应手术治疗。
新生儿肾积水出生后多长时间消失要根据病情情况而定，这种疾病有生理性和病理性两种，一般生理性会自行消失，而病理性就需要通过相应疗法治疗，才能取得更好治疗效果，家长一定要尽快带孩子到医院进行检查，做好定期复查工作也非常重要，不能盲目治疗疾病。