肛瘘手术是否疼痛，与肛瘘类型、痛阈高低等有关：高位肛瘘涉及的肌肉较多，挂线手术对其损伤较大，故疼痛较重；低位肛瘘涉及肌肉较少，故疼痛较轻；与个人体质有关，如果痛阈较高，对疼痛耐受力较好，一般感受不到手术的疼痛；如果痛阈较低，对疼痛敏感，容易感受到疼痛。
肛瘘常有肛周脓肿自行溃破或切开排脓的病史，此后伤口经久不愈，成为肛瘘外口，主要症状是反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感，若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通，如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘手术是否疼痛，与肛瘘类型、痛阈高低等有关。肛瘘类型，高位肛瘘涉及的肌肉较多，挂线手术对其损伤较大，故疼痛较重；低位肛瘘涉及肌肉较少，故疼痛较轻。痛阈高低，与个人体质有关，如果痛阈较高，对疼痛耐受力较好，感受不到手术的疼痛。如果痛阈较低，对疼痛敏感，容易感受到疼痛。
手术过程是无痛的，因为手术中需要骶管麻醉。麻醉效果令人满意，不会出现疼痛症状。然而，一旦手术后麻醉药物通过，疼痛可能会发生。然而，如果疼痛无法忍受，止痛药物仍然可以使用。
肛门周围的手术涉及皮肤和粘膜，所以手术是连续硬膜外麻醉进行的，所以手术中没有疼痛，但手术后会因为麻醉的消失而有轻微的疼痛，特别是在换药的过程中，但总的来说疼痛还是可以接受的。