腘窝囊肿通常都需要在手术切开治疗。在手术直视下将腘窝囊肿完全分离，完整的将整个囊壁切除下来。术中可以根据腘窝囊肿大小，决定是否先切开囊肿，将囊液放出，再做出进一步的囊壁剥离。
不想手术消除腘窝囊肿就必须多注意休息，热敷烫洗，就能够使关节积液得到充分的吸收，囊肿就会逐渐的变小。但如果囊肿逐渐增大，引起了膝关节的活动功能受限，甚至压迫到了血管神经，还是需要进行手术切除的。
腘窝囊肿要看骨科或是关节外科，也可以看普通外科。具体可以到医院咨询导医台。腘窝囊肿是指腘窝深部滑囊肿大或膝关节滑膜囊向后突入致腘窝，使腘窝局部突出肿大的一种疾病。起初多无明显症状，随着肿块增大，可有膝关节后侧肿痛或膝关节屈伸不便等症状。
腘窝囊肿不断增大，从而可以影响到膝关节的伸屈活动，尤其是可以明显的影响到膝关节的屈曲活动。另外，也可以造成对周围重要的血管神经的压迫，从而引起下肢的缺血症状。
腘窝囊肿不治会带来疼痛与影响关节活动。
腘窝囊肿形成的原因，目前比较公认的就是关节液的流动累积逐渐形成包膜后包裹起来形成了囊肿。膝关节本身就有一定量的关节液，当膝关节活动过度或者增生退变引起关节液过多后就容易产生腘窝囊肿。如果囊肿比较小或者没有症状，可以不用治疗，一般也不会恶变。如果囊肿比较大，影响膝关节的功能，出现疼痛或关节活动受限，就需要手术治疗。
建议至医院做彩超或者核磁检查进一步确诊大小，决定是否需要手术治疗，或者不治疗。
一般需要住院3天-5天可以出院，十天后可以拆线。术后早期住院观察治疗，避免继发性细菌感染，给机体带来不适反应现象。注意休息避免劳累，固定患部减少活动，加强营养增加抵抗力，及时给予消炎对症处理，按时复查处理及康复锻炼身体，早期恢复健康。