肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
肛周囊肿是一种很常见的肛肠科疾病，在囊肿形成的早期，病者可以采用抗感染治疗，比如可以使用抗生素，热水坐浴、理疗等治疗，同时病者也要预防其它肛肠疾病，比如肛窦炎肛裂，痔疮等，在饮食上要多注意吃一些清淡易消化的食物，防止便秘。
治疗办法是进行手术，可以选择在局部麻醉下将病变切除，手术当中应该选择肛周的放射状的切口，以免术后形成瘢痕。术中仔细地分离病变和包膜，避免出现残留，切口进行结节缝合。
建议在便后保持肛门清洁的习惯，肛门不适时及时就诊，以免延误病情。肛周脓肿是肛管、直肠周围软组织内或其周围间隙内发生急性化脓性感染，绝大部分感染都是由肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，腹泻和便秘时易引发肛窦炎，所以尽量减少腹泻和便秘。
主要是由于刚醒门周围的皮肤发生感染后而形成的囊肿。在刚开始的时候，症状比较轻的时候可以服用超声速来进行治疗，或者是采用坐浴的方式来减少脓肿。如果囊肿已经有肿液能采用手术的方式来进行治疗。
