直肠炎的治疗包括饮食治疗，腹泻期要注意补充营养，适当减少饮食中纤维素成分，以易消化富含叶酸、铁、钙、镁、锌等微量元素的流质饮食为宜。心理治疗，做好思想工作，尽量全身放松。
直肠炎平时注意腹部保暖，避免受凉。要饮食有规律，一日三餐做到定时定量，不过分饥饿、不暴饮暴食，这样有利于肠道消化平衡，避免因无节制饮食而，致肠道功能紊乱。治疗主要通过适当休息，进食清淡、营养丰富、刺激性少的食物，并得心情愉快，劳逸结合。
大多数都是药物灌肠。目前没有什么特效方法的。可以到正规医院肛肠科检查一下。可以做个肛管灌药等对症治疗。平时生活中注意调理保证睡眠多喝水，多吃新鲜的水果和蔬菜，忌食，辛辣冷硬等刺激性食物，保持大便通畅，多食含粗纤维的食物比如芹菜，韭菜等。
肠炎通常会用一些方法减轻直肠黏膜水肿，口服一些药物，改变肠道的菌群，给予一些益生菌药物。医院肛肠科有些病人，采用把弥散的He-Ne激光导到直肠腔里，做黏膜照射也能够起到很好的治疗作用。
慢性直肠炎，不是普通炎症，一般药物很难治疗好，一味滥用抗生素进行消炎杀菌，不但不起治疗作用，反而容易引起肠道菌群失调，表面好像症状得到了控制，实际上病情是在逐渐发展。中医中药长期临床实践积累了许多非常有效的治疗方法，用传统中药虫草，黑矾，黑枣，核桃仁，栀子，当归，厚朴，三棱，穿山甲，上甲，下甲，红花，海南沉，铁胆粉，蜂胶，蜂蜜，蜂蜡等配合治疗。