发病原因很复杂，有内在因素与外在因素的相互作用，常是多方面的，外在因素如生活环境、气候条件等均可影响湿疹的发生，外在刺激如日光、紫外线、寒冷、炎热、干燥、多汗、搔抓、摩擦以及各种动物皮毛、植物、化学物质等，有些日常生活用品如香脂等化妆品、肥皂、人造纤维等均可诱发湿疹。
目前已经比较明确与湿疹发作有关的原因包括内因和外因两方面。内因包括遗传因素、感染、内分泌疾病、自身免疫性疾病以及肿瘤等，其中遗传因素是指湿疹病人往往有个人过敏性疾病史或家族性过敏性疾病史。
引起肛门湿疹的原因包括遗传因素、感染、内分泌疾病、自身免疫性疾病和肿瘤以及包括饮食、吸入物以及接触性致敏物质等。这些物质的过敏往往较难判断，需要结合生活经验以及部分辅助检查。
虽然现在人们的生活水平提高了，可是抵抗力却下降了，禁不起任何疾病的入侵，肛门湿疹就乘虚而入了饮食因素：经常辛辣刺激的、油煎的、海鲜类等食物，也是很容易引起肛门湿疹的。过敏原因：在生活中，人们可能不经意间就会接触一些过敏原，比如人造纤维、染料、花粉、羊毛等，或者在饮食方面，也是会引起过敏的，都会引起肛门湿疹的。
受其他疾病的影响。若是有痔疮和肛瘘等肛肠疾病，当症状恶化时，一些分泌物和脓液会刺激肛门。另外，如果患了糖尿病、汗腺炎等全身性的疾病，若长期得不到控制，也会引起肛门瘙痒，从而引发肛门湿疹。受到年龄因素的影响。随着年龄的不断增长，一些年纪较大、或身体较为虚弱的人，由于抵抗力下降，很容易出现肛门湿疹，这主要和肛门括约肌的正常功能退化，从而更易患上肛门湿疹。
可能是肛瘘引起，到底是湿疹还是肛门皮炎可能还需要鉴别才好。平时生活要注意清淡饮食，保持肛门卫生和大便通畅。可以去正规医院看看肛肠科医生，做一个必要的临床检查，如肛门检查等，以明确诊断，方便进一步治疗。
