肛瘘发病初期流脓较多，色黄而稠，粪臭味重。久之，脓液逐渐减少，时有时无，稀淡如水，如果过于疲劳，则脓液增多，可有粪便流出。有时瘘管外口可暂时封闭，但不久病人又会出现发烧、局部肿痛，封闭的外口可再度穿破，待脓液流出后症状才逐渐消失。
典型症状：反复自外口流出少量脓液，污染内裤；有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。如瘘管引流通畅，则局部无疼痛，仅有轻微发胀不适。
肛瘘初期的症状特征有流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
肛瘘是肛周脓肿发展到一定程度形成的，一般不可自愈，发展到一定程度后会产生严重的危害：肛瘘导致流脓感染，疼痛、瘙痒，坐立不安，随着病情的发展，肛门组织受到破坏，容易产生肛门失禁；由于大量的炎症和细菌侵袭，出现了恶变的危险。早期肛瘘发生存在潜在的危险，早治疗可有效防止危害的产生。肛瘘早期治疗方法有药物治疗、传统手术等。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。