卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿一般需要手术治疗，手术后一般可能需要6到8周左右时间就可以完全恢复了，由于卵巢囊肿的产生与雌激素分泌过多有一定的关系，所以日常生活中一定要注意科学饮食，形成良好的生活作息，防止精神压力过大，而尽可能的避免内分泌紊乱的发生，从而导致复发。
卵巢囊肿术后3-4天就恢复的比较好了，就可以出院了。半个月以后就可以进行少量的运动，适当的做一些家务。3个月以内不要进行重体力劳动，术后注意保暖，尤其是经期要注意小腹保暖。
治疗卵巢囊肿先去正规医院做一个全面检查，找出确切原因，然后再对症下药，这样才能针对不孕不育的病因进行很好的治疗。取决于病人年龄，症状是否恶变，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，造成子宫附件的变形情况，是否保留生育功能及病人的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿可采用卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术等手术治疗。可根据患者的囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能等因素而定。恶性卵巢囊肿可术后腹腔内注射化疗药物治疗。