保守治疗。保守治疗通常是指使用药物进行治疗，并且有许多这样的药物。通过药物作用暂时中止3-6个月，卵巢子宫内膜不会出血，因此卵巢囊肿可能会缩小。更年期，痛经等症状可以完全消失，但卵巢巧克力囊肿不太可能完全消失，停药后仍有可能复发。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
要去治疗巧克力囊肿的专科医院，或者是治疗囊肿的专科医院都可以，这些医院的设备和仪器，都比较先进，而且，大夫的经验，相对来说比较丰富，更利于治疗巧克力囊肿的治疗和效果。
巧克力囊肿要到正规的三甲医院进行诊断，根据不同的病情来制定合理的治疗方案，接受系统、科学的治疗，只有对症治疗才会提高治好的几率，千万不要盲目去治疗，以免加重病情。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。