巧克力囊肿可以采用药物治疗和手术治疗两种方式治疗，治疗时一般要根据年龄、对生育的要求、囊肿的大小、病情的轻重来决定是采用药物治疗还是手术治疗，保守性的治疗主要是保留卵巢功能的治疗。
巧克力囊肿的治疗方法可采用药物或手术治疗。除了手术外，尚无一种理想的方法。手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病的处理方法。饮食要多注意一点，不要吃辛辣食物。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位造成的，多有人流史或者剖宫产史，没有性生活的女性也有可能是经血逆流造成的。可引起进行性痛经和不孕，治疗主要是手术剔除，术后容易复发。
术后注意调整自己的情绪，保持乐观开朗的心态，使机体免疫系统的功能正常，手术后注意增加蛋白质的摄入量。蛋白质可以帮助伤口快速好，可以增加体力。选择鱼类，鱼肉比较容易消化和吸收。注意休息，禁食辛辣生冷刺激东西，适当活动，增强身体抵抗力。
巧克力囊肿的治疗方法包括药物治疗、中医治疗以及手术治疗。药物治疗就是通过药物外敷、内服的方法进行治疗，药物治疗相对比较方便、没有创伤。但是治疗效果体现的不是很明显，恢复的较慢。中医治疗同样可以不用手术。不过治疗过程很长，起效比较缓慢。最常用的就是开腹手术治疗。
想要孩子的话，巧克力囊肿的最佳治疗方法是手术治疗，因为巧克力囊肿主要是子宫内膜的异位症，如果不处理，后期越来越大对于卵巢的损害是很大的，手术后可以选择使用醋酸亮丙瑞林或戈舍瑞林治疗3到6个月，然后再怀孕。
