巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，是子宫内膜异位到卵巢导致的囊肿，多数伴有痛经症状。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变，如果囊肿体积不是很大，没有出现严重的压迫症状，没有出现肾功能不全，可以不用手术，要密切观察定期复查，建议挂妇科。
巧克力囊肿坚持做仰卧起坐，能有效地锻炼腹部肌肉，可以提高人体的抗病能力，每天锻炼。慢跑也适合巧克力囊肿，坚持慢跑能促进人体新陈代谢，可以帮助身体排毒，可以提高自身的免疫功能。
以考虑通过手术的方式来进行解除的，避免肿瘤所造成的压迫。平常多注意生活规律，避免剧烈运动，多吃蔬菜水果，多加强营养，做好卫生防护。如果病情发现的比较早，治疗的比较及时，相信病情也是可以缓解的，在治疗过程当中，一定要把心情放松，思想上不要有什么压力。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。子宫内膜出现在别的地方。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。