克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。
可采用药物或手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的方法。无论是药物治疗抑或保守性乎术均有相当高的复发率。因此，应根据年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。主张选对药物积极治疗并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，再采取相应的对策。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种。目前治疗内膜异位症的药物，在服药期间一般月经停止来潮，痛经的症状可以得到缓解。药物治疗会使巧囊的体积有所缩小；在饮食方面要注意尽可能的平淡一些，远离刺激性大的食物。不吃蟹、虾、羊肉、咸鱼、鳗鱼等食物。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻病人，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。