阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
包皮过长容易藏污纳垢，引起泌尿生殖系统的炎症反应，对生殖器的发育也是不利的。到专业的泌尿外科和男科检查，阴茎海绵体血流多普勒，这样才能做出明确的判断，如果血流下降，是可以进行药物补充的，包皮过长一定要行手术治疗，这样才是最安全可靠的。这样才可以减少手术的风险性。如果阴茎勃起后能够达到十厘米正常的，不是什么问题。
只要在勃起状态下超过十厘米，八厘米，都是可以正常性行为以及正常生育的，不需要担心和采取其他干预措施，如果阴茎在疲软状态下不能够完全裸露出来，有可能是属于包皮过长，需要采取包皮环切术进行治疗。
正常男性阴茎大小以阴茎勃起长度为准，一般阴茎勃起长度大于10cm就属于正常。阴茎勃起长度大于7cm对性生活就没有明显影响。阴茎疲软长度大于4cm就是正常的。养成良好生活习惯很重要。良好生活习惯如不手淫，不抽烟，不喝酒，不熬夜，少吃辣的，多喝水，多吃牛羊肉鱼水果，天天坚持锻炼身体一小时，以慢跑或快走为好，晚上锻炼身体为好。
阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参，另外包皮过长、肥胖也是阴茎短小病因，如果有包皮过长割掉包皮，肥胖必须减肥，对发育期阴茎发育有好处。
可以多吃一些牛肉，羊肉，狗肉，豆制品可能使阴茎和第二性征的发育。每晚睡前用指腹按摩阴茎，或用食指轻弹阴茎，每次15分钟或用温热毛巾紧裹阴茎，并用双手反复搓揉，每晚15分钟。
