巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
巧克力囊肿中医治疗方法：去当地正规的中医医院，用中成药止疼化颗粒，能够益气活血，散结止疼，可以治疗卵巢囊肿，还可以调经。效果很好，平时要注意休息，多喝热水。还要注意卫生。
具有生长功能的子宫内膜组织，包括腺体及间质出现在卵巢上，就称之为卵巢巧克力囊肿，通常是由于子宫过度后屈，子宫颈管狭窄，以及月经期间同房而导致经血逆流形成，会引起进行性的痛经以及不孕。西医治疗巧克力囊肿，通常采取手术进行直接切除，而中医则根据患者的具体来进行辨证论治，可以使用血府逐瘀汤和少腹逐瘀汤，以及四妙散来进行加减调理治疗。
可以中医治疗的，服用中药试试，每个人体质情况不一样，服药效果也不同，如不见效，还是要手术治疗。平时注意卫生，多吃水果蔬菜，注意休息，别熬夜，若是普通囊肿，可以中西医结合治疗。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。