治疗巧克力囊肿的费用大概在几百元到几千元不等，要看病人的病情轻重情况适合什么方案治疗来判断，治疗方案不同治疗费用就会有高有低，病人不能盲目治疗疾病，要是比较轻可以首先采用保守疗法治疗，中药治疗疾病有很多好处，此时花费的费用就在几百元不等，要是比较严重就手术治疗，费用大概要两三千元左右。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
穿刺治疗巧克力囊肿属于微创治疗，费用通常需要5千元。导致卵巢囊肿的因素有很多，月经期、宫内手术感染和下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常等都会导致卵巢囊肿。遵医嘱治疗，不要急躁。
巧克力囊肿在三年内复发的几率约为14%，而在三到五年内复发的几率已上升至40%。卵巢囊肿的治疗取决于年龄、症状是否恶性、囊肿的位置、大小、生长速度、子宫附件的变形、生育功能是否得到保留以及病人的主观愿望。
卵巢巧克力囊肿的治疗费用一定程度上不同的病人病情不同，采用的治疗方法也不同，需要根据病人的具体情况来定。注意休息，调节情绪，保持良好的睡眠及饮食均衡，多进食新鲜水果蔬菜，劳逸结合，避免过度劳累、剧烈运动及紧张焦虑。
巧克力囊肿是由于子宫内膜异位症导致的，是因为一位的子宫内膜随着月经周期发生周期性出血，但是血液无法正常排出，所以局部会出现肿大和疼痛，囊肿内的血液因为长期不能排出呈巧克力状。巧克力囊肿一般选择的是腹腔镜手术切除，属于微创手术，术后身体恢复较快，费用2千-3千元。