如急性感染性急性甲状腺炎等，此时要给足疗程抗生素，才能取得较好的治疗效果。
对于慢性化脓性炎症以及非细菌性疾病，比如现在的肺结核和肺癌都要进行相应的抗菌治疗，这样才能让患者的病情得到有效地控制。
此外，若是一些其他急性感染，如此时对症治疗，可服用少量抗炎退热、退热止痛等药物。如果是慢性的甲减以及甲旁亢等都应该进行相应的抗病毒药物的治疗。如产后甲减炎或无痛性甲状腺炎，以甲亢所致临床表现为主，有时需给予贝塔受体阻滞剂以减轻临床表现，但通常无须使用抗甲状腺药物，处理以免永久性损伤甲功。
甲状腺肿大建议在治疗结束后再考虑怀孕。]甲状腺肿大是指甲状腺体积和形态增大。甲状腺肿大的严重时可出现压迫症状，如咳嗽、呼吸困难，吞咽不畅、吞咽困难等。因为甲状腺肿大会影响胎儿的正常发育，严重的可能会导致胎儿智力低下或者胎儿窒息，建议在医生的指导下积极配合治疗，保持心情愉快，适当运动，不吸烟，不喝酒，不熬夜。
甲状腺炎一般是可以痊愈的。
甲状腺炎分为三类。首先，化脓性甲状腺炎，主要由细菌感染引起。出现脓肿需要及时切开引流，细菌感染引起的化脓性甲状腺炎是可以治愈的。其次，亚急性甲状腺炎是继发上呼吸道病毒感染所致。临床上主要表现为颈部疼痛及炎症，可口服强的松，疗程一般在6周左右，治愈后不会有任何后遗症。最后是慢性淋巴细胞性甲状腺炎，主要是由于自身免疫性疾病引起的，症状表现为轻度甲状腺功能减退，患者会出现疲劳、虚弱、粘液性水肿等，血沉明显升高，但白细胞计数正常，病程一般在3个月左右。
甲状腺炎如长期淋巴细胞性甲状腺炎出现甲状腺功能不正常，通常情况下，甲减出现概率较高，甲减的发生需甲状腺激素代替治疗，并定期监测甲状腺功能改变，调节甲状腺激素剂量。
在妊娠期间一般都不使用甲状腺素片进行辅助治疗，但是对于一些特殊类型的甲状腺肿瘤，则需要采用甲状腺素片联合亚叶酸钙或者甲状旁腺素等药物进行治疗。如产后甲状腺炎，大多数产妇甲状腺炎可随时间推移而逐步改善。
有些病人可有甲状腺功能减退，需使用甲状腺激素进行药物替代，如亚急性甲状腺炎，通常情况下，非甾体类抗炎药的使用，严重者需加激素处理。
甲状腺肿瘤的手术治疗方法与甲状腺肿瘤的性质相关。甲状腺良性肿瘤，通常采用甲状腺腺叶切除，或者肿瘤摘除术。甲状腺恶性肿瘤则需要进行恶性肿瘤的治疗术，比如甲状腺乳头状癌，最小的切除单位是甲状腺腺叶和峡部，同时需要根据颈部淋巴结的转移情况，决定是否进行相应的颈部淋巴结清扫手术。
