扁平疣的治疗方法有药物治疗，物理治疗，可以按照医嘱进行治疗。扁平疣是一种由疣病毒感染引起的良性皮肤赘生物。主要是通过直接接触传染，但是也可通过污染物，如针、刷子、毛巾等间接传染。另外，外伤也是引起传染的重要因素。
治疗方法有以下两种，药物治疗：西医治疗扁平疣一般多会以药物为主，药物治疗扁平疣多从抗病毒、增强免疫功能方面下手。激光治疗：是目前治疗扁平疣比较常见的一种方法，激光治疗扁平疣在临床有较大优势，激光治疗的方法可以作用到疣体基底，被黑素颗粒吸收，使之凝固破裂和气化。
不存在扁平疣的最佳治疗方法，较好的治疗方式是冷冻治疗、药物治疗等。
1、冷冻治疗：扁平疣是由人乳头瘤病毒感染皮肤黏膜所引起的良性赘生物，是疣的一种，冷冻治疗是利用液氮将局部组织快速冷冻起来，破坏组织细胞，使皮损部位坏死或是脱落，直至疣体去除。价格为1000-3000元/疗程，恢复期为1个月左右，恢复后可以化妆和护肤，具体价格受到地域消费水平、医院级别等因素的影响。
2、药物治疗：患者可以在医生的指导下使用鬼臼毒素软膏、咪喹莫特乳膏、氟尿嘧啶乳膏等药物来治疗，这些药物可以抑制培养的正常人皮肤角质形成细胞，避免病情发展。
扁平疣患者平时饮食建议宜清淡，多吃新鲜蔬菜水果，扁平疣患者还可以选择将荸荠削去皮，用其白色果肉摩擦疣体，每日3～4次。每次摩擦至疣体角质层软化、脱掉，微有痛感或点状出血时为止。
扁平疣是一种常见的疣病，可以用针灸的方式来进行治疗，比如针灸阿是穴、曲池、合谷等。
临床上治疗疣病以疏风化湿、排毒消肿为主。可以选择阿是穴、曲池、合谷等穴位来进行调理。刺疣疮主要应用于局部的阿是穴和出血，具有解毒散瘀的作用；曲池、合谷具有疏风散热的作用。针灸以上穴位，通常可以有效治疗扁平疣。
在日常生活中，患者应注意个人卫生，勤换衣物，保持清洁，防止细菌感染。
可以选择口服抗病毒的药物来进行治疗，或者选择激光来进行治疗症状的，要选择正规的医院，同时要注意术后的护理，做好消毒，以免落下疤痕，不利于皮肤的恢复，注意饮食习惯，不要吃有刺激性的食物为好的。保持皮肤的清洁。