射频消融术在血管穿刺过程中可发生并发症，包括局部出血、血肿、感染、气胸、血栓形成、栓塞等，导管操作并发症包括主动脉瓣返流、心肌穿孔、心包填塞等，放电消融并发症包括房室传导阻滞、心肌梗死等。
射频消融利用热凝固的原理，通过凝固和坏死蛋白，使包括肿瘤细胞在内的组织死亡。但是，如果治疗过程涉及到周围的神经血管或肠、尿管系统，可能会引起并发症，如肠漏、血管漏、胆漏，有时甚至烧灼血管，导致大出血。因此，射频消融术虽然是一种微创手术，不是一种大手术，但一旦发生并发症，也是致命的。因此，射频消融技术的操作必须在严格筛选和技术控制的前提下进行。
射频美容仪有副作用，导致面部塌陷的现象，影响面部美观，对消费者的心理肯定会造成很大的负担，长期使用容易出现依赖，过度使用，导致局部色素残留沉着，接触部位，容易出现水肿，水疱，表皮剥脱，轻度疤痕，面部潮红。
射频消融术一般有5%-7%的患者可能会出现不同种类的并发症，相对而言，较为严重的并发症有短暂性脑缺血发作、脑卒中、心脏压塞、膈神经损伤等，还有一些患者可以出现相对比较罕见的并发症，比如肺静脉狭窄。
射频消融治疗肝癌会使肝区疼痛，体温波动发热、气胸。还会引起黄疸和腹水，导致肝周围正常的细胞坏死，肝脏穿剌处的出血或肝被膜下血肿、肝脓肿，离胆囊近的地方出现急性胆囊炎，肝脏周围器官的损伤，影响肝功能正常运行。
射频消融手术对心房存在损害，应用于室上性心动过速、室性早搏或房性早搏中，病人术后恢复较快。随着临床房颤消融术的普遍应用，且由于左心房后部紧贴食管，个别情况下在房颤消融术中可能对食管造成损伤，因此房颤消融术后需长时间服用胃黏膜保护剂及抑制胃酸分泌药物，保护食管，避免发生食管心房瘘，对病人造成致命性损害。