治疗肛瘘炎最佳方法是手术治疗，术后配合药物和一般治疗。手术治疗的具体方法有挂线疗法、瘘切开术、主灶切开对口引流法、瘘切除术、瘘切除术一期缝合术等治疗方法，具体选择是根据肛瘘内口位置、瘘的走向、瘘的深度等，综合评定后选择手术方式。
肛窦炎者表现为肛门坠痛、坠胀、肛门有灼热感、排便时疼痛，进行专科检查可看到，发炎的肛窦位置的有潮红、少量炎性渗出液、甚至脓液积聚在肛窦位置。在医生指导下通过，局部药物灌注，抗感染等药物进行治疗。
直肠炎和肛窦炎都是比较常见的肛肠疾病，大多数是不良的生活饮食习惯和久坐造成的，恢复较慢，治疗后容易复发。可以使用溶液或者是中药灌肠治疗，配合使用药物进行治疗，要清淡饮食，避免烟酒刺激。
对鼻窦炎进行外科治疗。该手术方法可完全治肛窦炎。只要精心护理，预后效果是比较理想的。目前，许多大型医院都开展微创手术，但鼻窦炎症也可以是微创手术。微创手术具有创伤小、恢复快的优点。
吃药药物剂量不大所以最好是输液和坐浴进行治疗，治疗期间要注意卫生，勤洗肛门，然后注意勤换洗内裤，避免把细菌带入加重炎症感染。饮食上注意不要吃辛辣上火的食物。睡前和便后。避免久坐久站久蹲，三个月会好。
吃药药物剂量不大所以最好是输液和坐浴进行治疗，治疗期间要注意卫生，勤洗肛门，然后注意勤换洗内裤，避免把细菌带入加重炎症感染。饮食上注意不要吃辛辣上火的食物。睡前和便后。避免久坐久站久蹲，三个月会好。