如果是由于过度肥胖，导致的阴茎短，实际上是由于阴茎被脂肪所掩盖，长度上来说并没有缩小。
但是阴茎变小了也有可能是包皮过长，导致包茎所引起的情况，此时患者一般需要及时去医院进行包皮环切手术，否则可能会导致其它并发症。如果是由于频繁的自慰造成的阴茎相对较短的情况，那么此时患者应该尽早停止自慰，避免手淫过度。
阴茎会由于天气的冷热有所变化，天气变冷的时候阴茎会变小，这是正常的现象。当然也有可能是长时间手淫导致的症状，长时间频繁手淫会严重影响阴茎的发育，会出现阴茎短小的现象，建议尽快戒掉手淫的习惯。控制手淫的次数，一周内不要超过两次。如果长时间频繁性生活也会导致这种症状，建议平时克制性生活。
阴茎变小原因可能是和肾虚的原因，这个还需要进一步的检查，明确病因及早治疗。不要盲目用药，以免加重病情，平时要多喝水。不应做剧烈运动，也不要吃辛辣食物，还有就是要保持睡眠充足，舒缓压力。
阴茎不发育或者变小，差不多都是因有了多次手淫，破阳早，性生活频繁导致阴茎不发育，平时多需要节制一下性生活次数，吃一些补气血，壮阳的药，营养均衡调理身体就会慢慢恢复。
有可能是因为病人太过于肥胖而导致的阴茎短小，其实只是阴茎隐藏在脂肪内，并没有变小，病人尽快减肥，不要吃有太多雌激素的食物。也有可能是因为包皮过长，包茎引起的症状，病人到医院做包皮环切手术进行治疗，如果不尽早做手术治疗，可能会引起其他的并发症。如果是因为经常手淫导致阴茎相对变小，尽快戒除手淫。
考虑可能是阴茎萎缩，阴茎萎缩也可能是疾病导致的，曾患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，雄性激素不足或是性生活过度。也可能是由于阴茎的海绵体供血不足导致。