阴茎短小根本的原因是遗传基因的影响。另外包皮过长会阻碍阴茎的发育。后天性的阴茎短小，主要是因睾丸萎缩引起，青少年发育期间摄入的锌原素、雄性激素、维生素E和相关蛋白营养不足，缺乏后天能量补充，起不到壮大性器官的作用。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
通常情况下，阴茎短小属于正常现象，患者没必要进行治疗。具体情况分析如下：
阴茎短小一般与人体的发育以及遗传有关，由于阴茎短小，一般不会对性生活造成影响，也不会影响生育，因此阴茎短小属于正常现象，患者没必要进行治疗。
日常生活中，患者应注意个人卫生，保持私处的清洁、干燥，早睡早起，多食用清淡的高蛋白食物，还可以适当的进行运动，比如做操、散步、打太极等，提高免疫力的同时，还能保证性生活正常进行。
包皮过长容易藏污纳垢，引起泌尿生殖系统的炎症反应，对生殖器的发育也是不利的。到专业的泌尿外科和男科检查，阴茎海绵体血流多普勒，这样才能做出明确的判断，如果血流下降，是可以进行药物补充的，包皮过长一定要行手术治疗，这样才是最安全可靠的。这样才可以减少手术的风险性。如果阴茎勃起后能够达到十厘米正常的，不是什么问题。
阴茎短小，先去医院抽血化验性腺系列。如果正常，最常见病因就是手淫和包皮过长，尽快彻底戒掉手淫，手淫导致发育期发育不良或者停止，阴茎海绵体挫伤，阴茎越来越短小，增加营养，多吃高蛋白食物，牛羊肉，海参，另外包皮过长、肥胖也是阴茎短小病因，如果有包皮过长割掉包皮，肥胖必须减肥，对发育期阴茎发育有好处。
男人的阴茎短可以通过阴茎延长手术治疗。一般成人阴茎勃起后长11-16厘米，周长10.8厘米；自然状态下长7-9厘米周长6.9-9.4厘米。测量方式是从龟头到阴茎背侧（即和腹部连接处）根部的长度，达不到正常情况需要注意阴茎短小的问题。