如果是第1次怀孕。以前没有流过产，怀孕40天可以选择药物流产，药流成功率大概百分之七十，如果成功不会损伤内膜。对以后怀孕相对影响比较小，因为人工流产有可能导致大出血，宫颈及宫腔的粘连，导致月经失调，闭经，继发不孕可能，流产后如果休息不好，免疫力下降有可能诱发子宫内膜炎，盆腔炎等并发症的发生。
怀孕40天可以做无痛人流，只要时间没有超过70天，胚胎发育也不是很大，做无痛人流是最合适的。而此时胎儿的胚胎已经发育，所以在做人工流产的过程中，不容易伤害到女性的子宫，副作用也比较低。但是在做手术之前，先去医院检查，确定无误，再做人流手术。
通常情况下，怀孕40天的患者能做流产。具体情况分析如下：
怀孕40天的患者如果做药物流产药物流产，一般是指在停经49天之内，患者可以按照医嘱使用米非司酮片、米索前列醇片等药物进行流产，先使体内的孕酮活力下降，进而引起流产，再通过药物使子宫剧烈收缩，将妊娠组织排出体外的一种流产方式，因此怀孕40天的患者能做流产。
怀孕40天进行流产后是否需要清宫要根据流产后复查结果判断。
怀孕40天进行药物流产或人工流产都可以，两者没有本质区别，安全性较高，残留率较低。通常流产后大概两周要复查B超，看宫腔内有无残留。
第一，若有体积小于3cm以下的实性残留或少量液性暗区，血流不丰富的情况，可口服药物促进宫缩，或等来月经，通过月经大部分都可排出体外。
第二，若宫腔内残留无法通过上述方法排出，或残留的体积较大，血流丰富的情况下就需要进行清宫。
流产后血血妊娠40天后如果发现有孕囊，就可以进行人工流产。妊娠40天可以选择药物流产和人工流产，两者都有优缺点。
如果药物流产成功，不需要做清宫，对子宫的伤害也不大。不过，药物流产的成功率很低，大约在60%到70%之间，如果药物流产失败，就需要进行清宫。人工流产的成功率很高，但是如果用手去抓取子宫，或者用手去抓取，就会对子宫造成伤害。