一般情况下，小儿膀胱-输尿管反流综合征的治疗方法有药物治疗、手术治疗等。
1、药物治疗：轻度患儿使用持续性头孢克肟、青霉素等口服治疗，中度及重度儿患首先给予大剂量药物，感染控制后给予持续小剂量口服，可用敏感的抗生素，预防尿路感染的复发。
2、手术治疗：用改良的Lich-Gregoir法手术治疗膀胱输尿管返流，术后患儿症状均消失，手术效果良好，无输尿管狭窄等并发症发生。
输尿管肿瘤唯一的治疗金标准是半侧泌尿系切除，也就是输尿管癌治疗术，目前国内比较领先的技术是腹腔镜下的输尿管癌治疗术，且比较成熟，腹腔镜下一次手术成型，后期行随访治疗检查影像资料显示预后良好。术后需要2个月到半年定期做影像资料检查，或者行尿脱落细胞检查，如果均为阴性才比较安全，择期还需要行膀胱镜检查，膀胱镜下可以发现膀胱内比较隐蔽的病灶，这样不会漏诊。
可通过输卵管伞端造口术、输卵管开窗术、盆腔粘连松解术、输卵管根部切断术治疗。传统手术可以解决部分病人的不孕问题，术后积水和粘连可能很快再发，选择输卵管根部结扎术，术后进行辅助生育。
输尿管肿瘤的治疗方法有保守治疗和手术治疗，具体采用哪种治疗方案需要具体情况来进行。如果没有出现转移的情况就可以采用手术切除肿瘤组织来进行治疗，如果已经转移则可能通过保守的治疗方法来，以提高生存期限。
自发排石，对于较小的结石，可以通过多饮水，多运动促进结石排出，对于直径大于6毫米的结石，由于其直径大于输尿管内径，一般无法自行排出体外，往往需要进行体外震波碎石。
输尿管末端结石一般小于0.6cm，结石光滑，输尿管无畸形狭窄等情况，可以通过应用药物，同时注意多饮水，保持每日尿量超过2000ml，平时多运动，协助结石排出。大的结石，不容易自行排出，可以行输尿管镜联合钬激光粉末化碎石后，小碎石经尿液排出。
