手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病比较适合的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。当大于六厘米就需要考虑手术来治疗了。没有达到手术指征的时候，可以通过中医的方法进行治疗。
巧克力囊肿应该在中医指导下服用中药治疗。在用药以后需要去医院做B超复查，如果再恢复正常，不需要进一步治疗。如果用药效果不理想，也可以去医院做腹腔镜的微创手术治疗。
手术并不能完全去除所有病灶，有些微小的是看不到的，所以确实具有复发的风险，巧克力囊肿实质上是一种子宫内膜异位症，药物治疗效果欠佳，对于生育需求的病人还是首选有实力有经验的大医院微创手术治疗。
