及早进行手术治疗，手术切除后做病理检查，以确定诊断后，再考虑下一步的治疗方案。如果伴有核分裂像则属于低度恶性肿瘤，但无论良恶性肿瘤均易复发，所以需要定期复查。
分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
0.5厘米的良性间质瘤并不是很严重，那么就不用着急手术治疗。是属于比较小的间质瘤，不要太过于担心。要进行定期的检查，可以采用内镜超声随访，如果在三个月之内，这种肿瘤没有长大，那么就不用着急手术治疗。可以采用消炎治疗，口服抗生素就可以。
如果是胃肠道间质瘤的情况，那么考虑这个时候出现有骨转移的话。胃肠道间质瘤的治疗。具体的是手术联合靶向分子药物的综合治疗方法那么这个时候出现转移，考虑是需要结合病理的情况。遵医嘱进行进一步的治疗改善的。
间质瘤一般都是良性的，可以先观察，可以再过两三个月再查查胃镜或者增强ct，看看有没有什么变化，间质瘤是一种良性肿瘤，是不严重的，只不过极少数的间质瘤生长比较快，可能会压迫局部的器官或者组织，引起其他的症状，而出现疾病。
胃间质瘤，如果是长在胃上的间质瘤，2cm以内的不需要手术，只要密切随访即可，如果在2cm以上，需要积极的手术切除。如果是中高危的，需要进行规范的靶向药物治疗，最大限度的避免肿瘤的复发。所以手术对于胃间质瘤是非常关键的治疗手段。
