一般情况下，支原体感染阳性用抗感染药进行治疗。
支原体感染呈阳性，一般是感染了支原体，需要用红霉素、阿奇霉素等，或者四环素类、氟喹诺酮类等抗感染的药物进行治疗。阿奇霉素是肺炎支原体的首选药物；如果是尿路支原体的话，可以根据药物敏感性来选择合适的药物进行处理，如解脲原体可以选择多西环素、红霉素等，人型支原体感染可用四环素类、克林霉素等，阿奇霉素可以用于生殖支原体感染。
白带支原体感染的个别病人会出现宫颈糜烂等妇科疾病，如果是怀孕期间的妇女还会导致流产的可能。支原体是一种致病的微生物，这种疾病的主要传播途径是性传播。建议积极进行治疗，另外在治疗期间不要同房。
妇科支原体感染通常不难治愈。
妇科支原体感染通常会导致泌尿系统感染，进而出现白带增多、异味、排尿疼痛等症状。临床上，很严重积极的进行治疗后，通常能达到临床治愈的目的，患者的症状一般会消退，因此通常不难治愈。患者应尽量避免性生活，注意休息，避免劳累，注意饮食。
确定是支原体感染需要积极进行抗感染治疗才可以的。通常是使用大环内酯类的抗生素。可在医生指导下选择服用阿奇，美满霉素，左氟沙星等广谱抗生素疗法进行治疗，并且强调要连续不间断用药，要规则，定量，彻底治疗。治疗后10~20天复查两次均为阴性，并且临床症状消失为好。
衣原体感染主要的感染方式是性接触，还可以通过手部，眼睛以及接触感染者的衣物引起的感染，症状主要表现为男性的尿道刺痛，刺痒以及烧灼感，女性则主要累及宫颈，出现宫颈部出血水肿，衣原体对红霉素比较敏感。支原体感染主要累及呼吸道，出现支原体肺炎，症状主要表现为肺部呼吸道感染的症状，发烧，咽喉部疼痛等症状。
儿童支原体感染考虑是由于病毒细菌，支原体，衣原体等引起的肺部炎症，对于支原体感染目前主要是采用抗生素进行治疗，主要症状会有发热，头痛，全身不适，淋巴结肿大等，同时病情稳定后，需进行复查，平时要增强自身免疫力。
