心脏室间隔增厚是由于心血管疾病导致，比如高血压病、心脏病、心肌病等，所以室间隔增厚的治疗需要针对原发疾病来治疗，控制血压，使血压控制在正常范围，会减少对心脏间隔的损伤，延缓并发症的发生。如果有心肌病积极治疗心肌病，平时生活和饮食上多注意限制钠盐的摄入，避免劳累和剧烈运动，长期服用丹参片或者活血化瘀通络的其它中成药来降低心脏负荷，减少对心脏的损害。
胎儿有室间隔血流要看时间隔缺损的情况，如果室间隔缺损不到三毫米，大多是会自愈的，可以不做治疗。但是如果这种值比较大，流血流量比较大，那就得考虑胎儿的存留问题了。
室间隔缺损是否能自行愈合，与儿童的年龄有一定关系。
3岁以前可自行愈合率高，十岁以前自行愈合率为0.8%，超过15岁时，自行愈合率非常低，可忽略不计。在婴幼儿时期就开始了修补手术，并且有相当一部分需要终生随访，以判断其效果及对预后的影响。对3岁前的文字，如室间隔缺损较小时，可观察室间隔缺损愈合情况的经常性复查。
发生存在室间隔缺损，能长得不错的大有人在，但是有不少病人也长不了。
室间隔缺损从病理生理上讲，因为左心室压力比较高，而右心室压力相对偏低，所以，当存在室间隔缺损时，心脏会发生从左室向右室的血液分流一般要是到了十来岁才长出来，建议去医院手术修补。另外对于患有冠心病的人群来说，应该多关注自身身体状态。平常的生活作息要讲究规律，以免受凉，发生恶化，还需要适当的运动。
先药物治疗，如果效果不佳，用介入或外科手术治疗可纠正病理解剖改变，目前大多数先心病可用外科手术或介入彻底治疗，各种心脏瓣膜病也可以实施瓣膜修补术或人造瓣膜替换，冠状动脉粥样硬化性心脏病可实行介入治疗或旁路移植术等。
