新生儿母乳喂养拉肚子可以通过一般治疗、药物治疗等方式进行治疗。
新生儿母乳喂养腹泻，通常多因母体饮食不当引起。母乳中含有大量的维生素和蛋白质以及微量元素，这些营养物质都是对宝宝健康非常重要的成分。因此，母乳喂养过程中，妈妈要特别注意饮食，不能随意食用，不然肯定会造成儿童消化功能紊乱，继而发生腹泻。因此在母乳充足时，就应该尽量保证孩子摄入足够的食物，这样才能有效预防婴儿拉肚子。症状严重者，可让宝宝吃妈咪爱或益生菌调理肠胃，那么，平时就应该让孩子喝更多的水，帮助减轻患儿疾病。
母乳喂养的宝宝每天大便5-10次，大便粘稠，但是不能喝水。因此，要判断宝宝有没有拉肚子，要看一段时间的大便有没有增多，或者大便的性质有没有变化。大便的特征是湿多或者是粘液浓血便。新生儿腹泻与平时的饮食习惯有很大的关系。
1.哺乳的宝宝，对妈妈乳头的清洁和清洁非常重要，有些父母可以用毛巾来清洗，但要注意毛巾的清洁程度，毛巾要保持不干燥，否则很容易滋生细菌和霉菌，如果用沾染或者被污染的湿毛巾擦拭乳头，会增加感染的几率；
2.奶瓶在煮沸之后，不要用手去碰触奶瓶，以免奶瓶被污染，引起宝宝腹泻。
新生儿拉肚子分感染性和非感染性两种情况，因为新生儿的肠道粘膜屏障功能差，进食不规律或者在受凉的情况下，很容易有腹泻的表现。新生儿拉肚子会出现腹泻次数增多,次数比原来要多,大便的性状会稀,大便中会有奶瓣、黏液、血丝等。
建议取新鲜大便做常规检查，如果是感染性因素，需要用敏感的抗生素治疗，如果消化不良，服用助消化药物，注意腹部保暖。
一般情况下，新生儿拉肚子可以通过药物治疗、生活护理来改善，具体内容如下：
首先要明确引起婴幼儿腹泻的病因，包括生理性腹泻、感染性腹泻和不感染性腹泻三大类。母乳哺育的宝宝一天的大便次数多在7-8次，或者10次左右，宝宝的排便量很少，只要宝宝精神好，吃奶好，体重增加也是可以的。如果孩子出现拉稀，要做好排便检查，如果是不良性的，可以通过饮食调节、调节肠道菌群类药物、肠粘膜保护剂、补液等药物进行对症处理。感染性痢疾、肠炎等是以肠炎、痢疾为主要特征的。过敏性痢疾要给予宝宝特别的喂养。
一般来说，新生儿吃母乳拉肚子可采取以下手段：
新生儿胃肠功能不完善以及刚刚开始接收来自外界的食物，可能会出现拉肚子等胃肠不太适应的症状，适当给予益生菌，可以帮助新生儿调节肠道菌群，改善拉肚子症状。用药后，家长要注意观察孩子的体重情况，大多数情况下是不会有什么问题的。
日常生活中，要让宝宝多休息，保持环境安静，保持室内空气新鲜、流通，室温以20℃-24℃为宜，相对湿度约60%。