肠套叠的病因尚不明确，可能有以下几方面:
第一，饮食改变，出生后4-10个月会添加辅食，增加乳量，肠道疾病高发，婴儿肠道无法适应添加食物的刺激，肠道功能紊乱导致肠套叠。
第二，回盲部解剖因素，婴儿回盲部游离性大，回盲瓣肥厚，小肠系膜较长，婴儿回肠、盲肠直径较大，会有丰富的淋巴结组织，因炎症和食物刺激导致充血、水肿、肥厚，肠蠕动将回盲瓣向前推，牵拉肠管。
第三，感染病毒，肠道叠与肠道内腺病毒、轮状病毒可能有关。
第四，肠痉挛，自主神经失调，因食物、腹泻、炎症、细菌、寄生虫、毒素刺激肠道，肠蠕动功能节律紊乱，逆蠕动。
第五，遗传因素。
小孩肠套叠考虑是胃肠道感染引起的。
小儿肠套叠是由胃肠道感染引起的，在此过程中会出现肠系膜淋巴结肿大，导致肠管不能正常蠕动，进而引起肠套叠。小儿肠套叠可以通过空气灌肠、钡剂灌肠等方式进行复位，但如果出现肠坏死，则应该是禁止灌肠。如果肠套叠不能通过气、钡灌肠复位，且有肠坏死的嫌疑，可以考虑外科手术。小儿肠套叠很可能会复发，所以要养成良好的饮食和生活习惯，尽量不要吃得太饱，不要暴饮暴食，以免出现腹泻。
拉肚子是指腹泻，一般情况下，宝宝肠套叠后腹泻是正常的，属于机体正常修复过程。具体内容如下：
宝宝肠套叠后，肠道恢复后一般会进行自我调整，蠕动过激可引发腹泻症状，这属于正常现象，无需特殊治疗。宝宝饮食不当引起的肠道蠕动过激，可引发肠套叠，肠套叠纠正后，刺激因素仍然存在，肠道内存在轻微炎症反应，同时，由于肠道应激反应，可进行自我调节，表现为腹泻的症状。这时候家长不必太过担心，注意宝宝的饮食清淡即可。
肠套叠手术的恢复与个人体质、手术大小都有关系，一般在半月到一个月之内逐渐恢复正常。饮食上以流食为主，不要暴饮暴食，不要进食过饱，不要吃辛辣、油腻的食物。手术后应避免腹泻，不要过饥过饱、随意更换食品，添加辅助食品要循序渐进，防止诱发肠套叠发生，手术后一般2-3天胃肠就会恢复正常功能。
肠套叠手术的恢复与个人体质、手术大小都有关系，一般在半月到一个月之内逐渐恢复正常。饮食上以流食为主，不要暴饮暴食，不要进食过饱，不要吃辛辣、油腻的食物。手术后应避免腹泻，不要过饥过饱、随意更换食品，添加辅助食品要循序渐进，防止诱发肠套叠发生，手术后一般2-3天胃肠就会恢复正常功能。
