较小囊肿不需治疗，可定期随访观察。如果增大的情况下必要时可采取手术切除方法。手术切除囊肿，适于囊肿较大且症状明显者。睾丸囊肿可在阴囊内形成，它可以长得很大而不产生任何不适，但仍要检查是否有问题。任何年龄的都可能发生囊肿，而且此病在40岁以上的男性中最为常见。
早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿逐渐长大后，挤压不破的情况下，可以根据自身情况，如果影响日常生活，可以到医院做手术切除囊肿，也是有一定的复发率。
肝囊肿消除可以通过手术来切除肝囊肿。肝囊肿在临床上也是非常常见的疾病，单纯的肝囊肿是先天性、非遗传性肝内囊性病变。出现这样的疾病，通常在很长一段时间里不会有明显的症状。
对于体表的囊肿，可以选择手术切除的方法，通常是在局部麻醉下进行手术操作，发生于甲状腺的囊肿，如果逐渐增大，会出现气管受压，病人也会出现吞咽食物时明显的不适感，可以选择开放手术，或者是进行射频消融治疗等，让囊肿逐渐萎缩。
较小的囊肿不适症状暂时不用治疗，较大的囊肿需要尽早手术，平时注意不要刺激囊肿部位，以免引起感染。囊肿是局部组织出现囊样变化，是与炎症，先天性发育，外伤，自身体质等多因素有关系，囊肿可以长在身体各个部位。
乳腺囊肿的消除方法有两种。一种是手术切除，另一种是穿刺疗法。诊断明确的乳腺囊肿，属于乳腺的良性肿瘤，可以单发，也可以是多发。囊肿有大有小，大的可以达到几个厘米，小的可能只有几个毫米。手术切除是首选治疗方法，可以完整切除病灶。而对于一些暂时不宜手术切除的病例，可以采用穿刺疗法。通过穿刺针将囊肿的囊液抽出，再注入硬化剂，也有一定的治疗作用。
