小儿单纯性肥胖的鉴别诊断主要是对伴有肥胖的遗传性疾病和内分泌疾病进行鉴别，遗传性疾病包括三种:
第一，Prader-Willi综合征，手脚小、身材矮小、体态肥胖、肌张力低、智力低下、外生殖器发育不良。
第二，Laurence-Moon-Biedl综合征，肥胖、多指、多趾、轻度智力低下、视网膜色素沉着、性功能降低。
第三，Alstmm综合征，失明、糖尿病、中央型肥胖、视网膜色素变性、神经性耳聋。
内分泌疾病包括肥胖生殖无能症，是由于下丘脑及垂体病变，体脂分布于磕下、颈、下肢、乳房、会阴、臀部。身材矮小，手指和脚趾纤细，第二性征延迟或没有。其他内分泌疾病有甲状腺功能降低、肾上腺皮质增生、生长激素缺乏等，都有皮质增多但均各有特点。
肥胖是很常见的，可以用标准体重来衡量，一般的标准体重是100乘以0.9。如果病人的体重超出了正常的20%，那就是肥胖。还可以通过皮肤的褶皱卡钳来测量皮下脂肪的厚度。皮下脂肪的厚度是人体脂肪的二分之一到三分之二。肥胖是指男性超过4厘米，女性超过5厘米。最常见的是三角肌外侧，皮脂的厚度，和肩胛角下的两个位置。皮下脂肪厚度也需要x线来估算，如果这个数值超过24，就属于肥胖。
儿童体重大于以身高计标准体重20%~30%者，属于轻度肥胖，30%~50%以上为中度肥胖，50%以上的病人称重度肥胖。这部分儿童大多发生在婴儿期、学龄前期和青春期均有发生。儿童食欲亢进，进食量相对较多、喜甘肥、懒动一动。有明显的挑食癖、偏食症等不良习惯。外观为胖的高身材，不仅体重超过同龄儿而且身高和骨龄都在同龄儿的高限，连这高限都没有。部分患儿伴有营养不良或其疾病，如糖尿病等。对这一部分的孩子必须对饮食有所节制，想办法满足小儿食欲以免产生饥饿感。如果患儿的年龄小，身体发育还不够完善，那么应该给孩子选择合适的食物。可选择热量低但个头较大的食品，如芹菜，萝卜，河笋等，必要时，两餐间加点点心即可，例如，没有加白糖的果冻和鱼干、也有话梅这类食品。同时，还要注意不要过多摄入蛋白质类的食物，如豆浆等。对脂肪含量较高，必须少食。
另外，家长还要注意孩子是否出现肥胖现象，如果发现孩子肥胖了一定不要过于紧张。患儿可加入一定的体育运动锻炼，还对控制肥胖有益。
单纯性肥胖症又称原发性肥胖症，指的是只有肥胖但没有任何器质性疾病的肥胖症，单纯性肥胖可分为轻度肥胖、中度肥胖、重度肥胖、1、2、3个级别，根据脂肪分布可分为全身性肥胖、向心性肥胖、上身或下身肥胖、腹型和臀型肥胖等。另外还有肥大肥胖和增生型肥胖。增生性肥胖指的是脂肪细胞的数量增多，其特点是肥胖多在儿童时期开始，在青年发育期肥胖进一步加重，终身肥胖。肥胖是指肥胖只是脂肪细胞聚集脂肪量增加，脂肪细胞数量不增加，其特点是肥胖多在中年开始，脂肪堆积在身体中央，因此又被称为中心性肥胖、腹型肥胖。
单纯性肥胖是指不是因为某一些疾病所导致的肥胖。因为很多疾病本身就会导致体重增加，水钠潴留，比如库欣氏综合征，这类的疾病它会导致人的水液代谢有问题，从而导致水钠的潴留，导致体重的增加。
