卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
卵巢囊肿出现扭转需要及时进行外科治疗。
在手术前，不管病人的年纪，都要用肌肉注射止痛药。此外，如果出现了卵巢囊肿，应立即去医院做检查，以免内容物进入腹腔后出现的创面仍然存在，从而导致感染，因此要进行检查和处理，以免损伤到胎儿。卵巢囊肿一般要在怀孕12个星期左右进行检查，如果是生理上的卵巢囊肿，会在怀孕12个星期内逐渐变小。在妊娠期间，怀孕妇女体内的雌性荷尔蒙很可能会不平衡，以致无法保持胎儿的生长。建议口服促进孕酮合成的药物，具体情况取决于囊肿的具体情况。
卵巢囊肿是一种女性生殖器官的恶性肿瘤，其初期无任何征兆，大部分可在身体检查时被诊断出来。
如果是大的卵巢囊肿，会有下腹部一侧隐痛、下腹部坠胀等情况。当卵巢囊肿变大时，会对女性的排卵造成一定的干扰，从而引起月经不调、肥胖、多毛、月经量少等。如果出现了卵巢囊肿，要及时到正规的医疗机构进行手术，比如单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
卵巢囊肿早期能好，无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，可以密切随访。即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间；若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，需要手术治；如果同时伴有进行性加重的痛经及性交痛，盆腔有触痛性结节，则应考虑子宫内膜异位症（即巧克力囊肿），采取不同的方法。
卵巢囊肿一般为常见的一种临床类型，一般为良性的可能性较大，根据卵巢囊肿的大小采取的治疗方式一般也是不同的，如果在5厘米以上自行吸收的可能性较小，通常需要手术治疗，手术费用一般在5000-8000元左右，另外需要结合当地的物价消费水平而有不同的收费价格。囊肿的大小选择不同的治疗方式，平时要注意经期卫生以及性卫生。
中医治疗：中医治疗服药方便，不开刀，不住院，痛苦风险小，不影响工作生活。避免手术给患病的人带来的心理压力与精神负担。但是中医治疗疗程长，见效慢，而且容易反复。
