黑色素痣通常可以通过冷冻疗法、切除手术等方法去除。
1.冷冻疗法：黑色素痣是由一群良性的黑色素细胞组成的，可见于身体各个部位，比如面部、手臂、背部等。若是没有恶变倾向，而且直径较小，一般无需进行特殊处理。若是没有恶变倾向但直径较大，影响了美观，则可以进行冷冻疗法，即指通过冷冻液态氮作用于组织表面，使痣细胞和色素细胞坏死，从而达到祛痣的目的。其费用与地区消费水平、黑色素痣的大小等息息相关，可能需要500-2000元。
2.切除手术：如果黑色素痣不断增大，而且颜色不断发生变化，说明黑色素痣可能存在恶变倾向，需要去医院进行病理检查。如果存在恶变倾向，建议通过切除手术去除病变部位，从而控制病情发展。
可以采用激光治疗的方法。激光去除色素痣做法是首先用药物擦洗治疗部位，消毒，然后用激光作用于病变皮肤，传输的能量会在瞬间使组织里的水分气化，同时带走有色素的皮肤组织，而不伤及周围健康组织。但是如果面积较大的色素痣，而且颜色比较深，就需要采用植皮的治疗方法。
眼角长色素痣一般并不用治疗。
眼角有色素痣，一般是不影响眼睛的正常功能的，提出不需要治疗。色素痣如果影响了眼睛的正常功能，可以考虑是由于黑色素痣的面积很大，或者是有增大的迹象需要手术治疗，。另外，如果色素痣的体积太大，可以通过移植皮肤，或局部皮瓣来进行相应的处理。这样既能在术后达到更好的效果，又能在眼角术后保持更好的状态。
色素痣通常要做体格检查、组织活检等，具体分析如下：
1、体格检查：需要观察皮肤痣的颜色、范围、大小，以及有没有出血、溃破等情况，还要触诊痣的质地、硬度、活动度等。斑疹、丘疹，直径在6毫米以下，呈不规则的对称分布。另外，体检也能与其它疾病相区别。
2、组织活检：在色素痣切除术后，对组织切片检查，以确定是否存在恶性或有可能发生癌变，这对色素痣的诊断及鉴别诊断具有重要意义。
皮肤出现色素痣原因有很多种，和遗传因素，以及体质因素，外界的化学环境刺激都有直接关系的，应该依靠这种色素痣的大小面积，采取相应的治疗措施。平时应该多注意清洁面部。