一般来说，停经40天b超看不到孕囊的主要原因是以下这些：
1、月经不正常、受孕晚，有的女人月经不规律，一般要40多天才来一次，这个时候，即使检测出来了，受孕的时间也比较晚，在子宫里见到孕囊的时间也比较晚。
2、可能是因为子宫外孕，也可能是因为妇科的炎症，比如输卵管炎。B超检查没有发现孕囊，有阴道出血、腹痛等症状患者应该尽早前往医院，在专业医生的指导下进行治疗。
一般情况下，停经40天B超未见孕囊是否正常，要根据具体情况进行分析，可能是正常的，也可能不正常。具体内容如下：
1.正常：如果女性体内，精子和卵子结合的时间比较晚，受精卵进入子宫内生长并发育的时间也较晚，停经40天时B超未见孕囊是比较正常的，不用过于担心，建议停经7周左右再复查超声。
2.不正常：停经40天B超未见孕囊也存在不正常的可能，也许是女性并未成功怀孕，或者出现了异位妊娠的情况，建议女性及时就医检查，以免影响身体健康。
首先来说第一个因为月经已经停了很长时间了，如果是怀孕是应该能查到的，那么需要第一个是做一下血液方面的检查，动态观察血hcg和子宫附件超声情况，正常宫内孕血hcg是呈隔日翻倍增长的，宫外孕增长慢，如果左侧卵巢无回声进一步增大，宫内还是没有孕囊，可以确定是宫外孕。
停经40天b超未见孕囊考虑是排卵延迟，受精卵着床晚，还考虑是自然流产或者宫外孕的情况。正常月经规律的女性停经40天，如果确认已经怀孕，在宫腔内应该可见到大小在1.5-2cm之间的孕囊。
停经没发现孕囊可能是排卵延迟，受精卵着床晚引起，也可能是超声清晰度不好或者是已经停止发育了。建议间隔一周复查看。确定停止发育了，就不能保留，需要及时做清宫手术，否则时间久了容易引起大出血。
最早在怀孕五周的时候，就可以通过阴道B超看见孕囊，由于每个人的月经周期是不同的，受孕的时间也是有短时间的区别，所以在B超上能最早见到孕囊的时间也是不同的。