肛门疼痛的处理，需要先确诊诱发肛门疼痛的病因。如果肛门疼痛是肛周脓肿引起的，那么早期的肛周脓肿可以通过静脉使用药物。肛周脓肿成熟了，则需要手术切除治疗，缓解肛门疼痛症状。如果肛门疼痛是由炎性外痔、血栓性外痔引起的，那么需要采用手术切除外痔治疗。
肛门疼痛可能是肛裂。肛门口在大便时疼痛有可能是肛裂，但是也有可能存在痔疮，但是大便干燥会导致大便出血，因为干燥的大便在人体费力排便时会划破肛门局部黏膜从而导致黏膜出血。
生产后出现肛门疼痛是痔疮引起的，很多女性在生孩子的时候会容易出现大便干燥，伤口疼而不敢用力，时间长了就会引起大便干燥，平时要注意不能久坐，不能吃辛辣刺激性的食物，多喝开水，注意个人卫生，保持外阴的清洁干燥。
大便过后肛门疼痛有可能是有痔疮或是肛裂的病症引起，此病症如果严重了，不只是有疼痛的感觉，还会有大便带血的症状。如果出血性的病症反复发作，会引起贫血的病症，需要积极的进行治疗。
肛门疼痛主要是指肛门内以及肛门直肠周围疼痛为主的一种症状，如肛裂、肛窦炎、血栓性外痔、肛旁脓肿、内痔嵌顿、外痔水肿、肛管直肠癌以及肛门异物损伤、肛门直肠手术后等。而其疼痛的性质、程度以及伴随症状各有所异。