皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿如果是手术切除，大多数可以在门诊手术室进行治疗，如果囊肿的面积较小，都可以在门诊手术，是不需要住院的。但是如果皮下囊肿位置较深，或者是直径较大的囊肿，还是需要住院治疗的。
皮下囊肿为良性的属于外科疾病。如果囊肿较小，可以定期复查的，如果要除根需要行手术切除的治疗。避免刺激，越刺激长的越快，要在感染前外科手术治疗。在感染前进行手术治疗将囊肿可以完整的剥离出来，如果囊肿表面已经有波动感说明已经合并了感染，手术不易剥离完全，残留的囊肿壁可以复发的。
皮下囊肿好发于头皮、颈部及臀、背部，是一种真皮内含有角质囊肿。系因外伤将表皮植入皮下而成。其囊肿壁为上皮结构，但基底细胞层为囊壁外层。角质层为囊壁内层并充满角质物于腔内，及时的挂个皮肤科，症状体征确定是否是皮下囊肿。
皮下囊肿是一种发生在皮肤组织以下的柔软或者坚实的球状物，直径在1-3公分不等，有的和皮肤粘连，基底部可以移动。在临床上可分为多种类型，主要有表皮囊肿，皮样囊肿，皮脂腺囊肿等多种类型。由于这些囊肿囊壁基本为上皮样细胞结构，囊内容物一般为各种各样的细胞脱落及坏死组织，所以也容易发生继发性感染。
皮下的囊肿也属于肿瘤的一种，肿瘤的发生与吸烟以及不良的饮食生活都一定的关系。
囊肿也属于良性的病变，一般少发生恶化，若无症状动态观察，若有症状则以手术切除或者是局部微创治疗为主，能临床治愈;良性的肿瘤，不具有过渡性的增值特性，有些良性的肿瘤，仅局部的刺激后可有恶变的倾向，建议要动态观察，若增长迅速，建议活检或者是手术切除治疗。