新生儿女性生殖畸形的主要原因有：
新生儿胚胎发育时若本身基因自带疾病，出生时就可能体现，即先天性生殖器畸形，常见有先天性无阴道、阴道闭锁、处女膜闭锁等女性生殖器畸形。还另外母体孕期受到高水平雄激素的刺激，长期的刺激会导致外阴定型过程中有男性化倾向，即本应是女孩的个体在胚胎外生殖器成型时受到雄激素干扰，外阴发育像男性，孩子出生后看起来像男性外观，阴蒂较大，阴囊两个大阴唇融合形成类似阴囊的组织，但阴囊内没有睾丸，一般都是激素水平紊乱导致的。
新生儿感染生殖器疱疹在皮肤、咽、眼结合膜等处出现疱疹全身性弥散型表现为黄疸、肝炎、肺炎等全身毒血症症状。处理不当的新生儿疱疹病毒感染有百分之七十的死亡率或神经系统后遗症中枢神经型表现为颅内压增高、抽搐等颅内感染的症状。
新生儿生理性黄疸不属于疾病，属于一种正常的生理情况。新生儿的生理性黄疸通常发生在2~3天，4~5d是最高的，足月儿5-7天逐渐消失，最晚2个星期。早产儿出生后3~5天开始发育，5~7天达到峰值，7~9天消失，最多持续3~4个星期。新生儿生理性黄疸对机体危害不大，多可自愈，严重者可出现败血症、肺炎等。
一般情况下，新生儿生理性腹泻，主要见于六个月以内的婴儿。
这种情况大多是见于母乳喂养的孩子，主要由于孩子对妈妈母乳中的乳糖不耐受所致。其大多数是由于孩子乳糖酶的活性比较低，或者乳糖酶先天性缺乏等原因导致。一般来说，绝大多数的生理性腹泻会随着添加辅食而逐渐好转，一般不需要特殊治疗，但是如果症状比较严重，还是需要及时前往医院就诊。
一般情况下，生理性的黄疸是在新生儿中的85%。足月子宝宝在3-4天内会有黄疸现象，一般情况下，一般不会出现在5-7天内或者是85微摩尔/L。如果超出这个数值，就会被认为是病理性的黄疸。顺产期的婴儿需要到医院做进一步的检查，检查是否有无黄疸。此外，可以在家观察皮肤颜色、巩膜等情况，如果不能确定要尽快去正规的医院检查，如果是生理性黄疸，则不会对身体造成太大的影响。
新生儿生理性黄疸症状以黄疸为主，可首先出现在面颈部，严重者可累及躯干、四肢、巩膜。典型症状一般表现为黄疸的程度比较轻微，首先出现在面、颈，偶尔出现严重的黄疸，全身和四肢都会出现黄疸，巩膜也会发黄，大便颜色也会变黄。新生儿黄疸多发生于新生儿2~3天，第4~6天达到最大值，足月2周后可能会消失，早产儿一般会在3~4周消失。其他症状转回病理性黄疸时，部分儿童呕吐和脑脊液也呈黄色。
