脑积水内镜手术的风险较大，一般是以下几个方面：
除了出血、感染等常见的并发症外，还有三脑室底部的造瘘术，会对下视丘造成一定的损伤，轻则会引起尿崩，甚至会引起育龄的不孕症。另外，还会对男性病人的性趣产生一定的干扰，从而对其生殖功能造成一定的不利作用。虽然可以通过内窥镜进行短暂的治疗，但随着时间的推移，这种方法的作用会越来越小，有些病人甚至需要进行脑室的腹腔分流术。
脑积水手术风险并不大，脑积水手术创伤是很小的，属于微创手术，脑积水分为梗阻性脑积水和交通性脑积水，这两者的手术方式不一样，梗阻性脑积水通过三脑室底造瘘手术的方式治疗，而交通性脑积水通过脑室腹腔分流手术的方式治疗，这两者都创伤不大，也风险不大，所以有脑积水需要积极的治疗。
通常情况下，儿童脑积水的手术主要采用脑脊液分流术，费用在4-7万之间。
如果做一次性分流术的话，分流管是主要治疗费用，就强生分流管来说，可调压型大约需要4万，再加治疗费用和手术费共需要6万～7万。蛇牌分流管价格比较高。但是一次性分流术中，容易出现术后感染和分流管阻塞等危险，因此临床上提出可以先行引流，在脑脊液到达正常范围时再行二次分流，手术成功率较高。
脑积水的治疗手术费用一般与脑室腹腔分流管的选择有关，根据引流管的不同，手术费用也不同。不可调控的分流管，费用约为1万元以上，可调控的分流管，费用可能约3-4万元。脑室腹腔分流术后需注意患者的体位，先采取平卧位然后逐渐变为坐位最后变为站立位。饮食的注意事项为忌生冷、刺激性的食物。保持大小便通畅，减少腹腔端的刺激。
脑积水手术治疗方法一般有分流术、神经内镜治疗等。
脑积水主要有分流和内窥镜两种方法。在这些手术中，主要有腹腔脑室分流、脑室心室分流、腹腔腰大池水分流等。脑室分流是目前最好的治疗方法，但脑室分流、心房分流等都有一定的限制，这会影响到治疗的疗效。经手术后，脑积水疗效显著，术后出现的并发症也相对减少。
在日常生活中，脑积水患者需要养成良好的生活习惯，避免过度劳累。
脑积水的手术成功率比较高，手术后能够显着减轻病人颅内压偏高和脑室扩大的情况。
临床上需根据病人病因来判断手术治疗成功率，由于有些病人病因属颅内肿瘤且在肿瘤切除前病人症状并无明显减轻，若病人属梗塞性脑积水则在分流手术后需长时间复查及追踪才能使脑积水的症状得到长时间的控制或者减轻。
一般需重视手术时机的选择，如在脑积水的症状初期实施手术则效果更佳，如在症状晚期实施手术则因病人已存在明显的神经功能丧失，手术虽能成功但效果不佳。