口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
化疗后口腔溃疡先要停止输注化学药物，同时局部可以给予治疗溃疡的药物，在饮食上需要进食清淡流质饮食，避免进食刺激的食物，饮食以后需要使用生理盐水漱口，这样可以使溃疡早日愈合。
口腔溃疡属于一种病因不明的疾病，临床口腔溃疡由于病因不明，治疗的方案就是对症治疗。口腔溃疡临床治疗没有什么特效的疗效，一般七天左右可以自愈。补充维生素对口腔溃疡愈合有很大的帮助。
孕期口腔溃疡需要通过局部治疗、日常护理等方式来治疗。
怀孕期间有口腔溃疡需要进行局部的治疗，同时需要在口腔科或者妇科专家的帮助下进行局部的用药，避免自行服用，导致自身和胎儿都出现异常。可以用生理盐水，不会造成任何的伤害，可以用来漱口，可以购买0.9%的生理盐水涂抹在口腔的创面，也可以用95%的乙醇来治疗，不过要在医师的指导下进行。
可以服用消炎去火的药物治疗，口腔溃疡是一种以周期性反复发作为特点的口腔粘膜局限性溃疡损害，可以自己好，可发生于口腔粘膜的任何部位，以唇、颊、舌部多见，严重者可以波及咽部粘膜。
儿童口腔溃疡是由细菌感染引起的，需要给予抗感染治疗。在抗感染治疗之前，可以完善血常规、C反应蛋白、血培养等检查指导用药。注意多饮用温水，绿色食品，少食用油腻辣的食品。
