皮下囊肿可以不手术的保守治疗也可以。皮下囊肿分为腱鞘囊肿、皮脂腺囊肿、表皮样囊肿等，治疗方法不一样。腱鞘囊肿发生在四肢的腱鞘上，质地比较硬，开始包块比较小，约绿豆黄豆样大小，后来可以慢慢的增大。
囊肿的性质、囊肿的生长部位、囊肿的大小、患者的基本身体状况等因素，决定患者采取皮下囊肿手术时是否需要住院。
如果有一些囊肿比较大，又有继发性感染，并且患者本身的情况比较糟糕，同时还有一些原发性的疾病，那么就需要住院。当然，大部分的皮下囊肿手术都不需要住院，只需要在门诊手术室进行局部麻醉即可。
手术后要注意饮食、营养和护理，以促进伤口早日恢复。
皮下囊肿可能会癌变，但概率极小。
如果皮下囊肿患者有囊性畸形，那么恶性的可能性较大，一般都是良性的。皮下囊肿切除后需要做好组织切片检查，主要是皮脂腺囊肿，皮样囊肿，皮样囊肿等。通常情况下，头部、面部、筋、躯干等都需要外科手术，如果不是感染或者囊肿，可以完全切除。局部皮肤要不要切掉，要看与周边的肌肤情况。当然，部分缺损的皮肤是可以避免再次出现的，这要看其体积，如果是比较大的，可以尽可能的保存周边的肌肤。
皮下囊肿如果是手术切除，大多数可以在门诊手术室进行治疗，如果囊肿的面积较小，都可以在门诊手术，是不需要住院的。但是如果皮下囊肿位置较深，或者是直径较大的囊肿，还是需要住院治疗的。
手术住院一般需要5-7天左右。术后需要遵医嘱定期切口换药，如果大于5天切口愈合良好，即可考虑遵医嘱出院。如果需要拆线，一般需要12-14天左右。皮下囊肿种类很多，比如腘窝囊肿、皮脂腺囊肿、腱鞘囊肿等都属于皮下囊肿的范畴。以腘窝囊肿为例。
要注意与阴茎中线囊肿区别，后者为先天发育异常，多见于青年人和儿童。皮损位于阴茎腹侧，尤其是龟头中线，直径约数毫米。一般皮下囊肿在不影响的情况下，不建议手术，特别是阴茎上，但如果有心理影响也可通过手术等方法来治疗。一般不需做院，可以工作，在生活上没什么要特别注意的地方。