肛瘘常常会伴有肛周的干痒和有脓肿出现，也会使肠胃发生不适出现腹胀，腹痛的症状，排便也会受到影响，而且反复发作，长时间不愈合，和愈合以后很快又会肿痛破溃，肿痛和破溃这两种病症是交替出现。甚至伴有出血的症状。肛瘘这种病，是由肛周脓肿发展而来的。
肛门口周围流脓周期性发作，时有时无，脓液较少。肛门口周围肿痛一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肛门口周围有肿块，大部分可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。
肛瘘的发病原因非常多，由于发病的原因不同，病情的变化不一。因此，在临床具体运用时，治法也是多种多样的。归纳起来，大致有清热凉血，清热利湿，清热解毒，补益气血、泻热通腑、养阴润燥、补中益气、活血祛瘀，滋阴清热和温阳健脾等法则。
肛瘘反复发作多数是因为对肛瘘的认识不够，很多误以为消肿就治好了肛瘘，其实不然，脓肿消除只是治标，而肛门里面内瘘口并没有消除，病灶在，肛瘘就容易复发，很多出现一年发作一次的现象，原因就在于此。
一旦确诊肛瘘，没有保守的治疗方法，所谓的药物治疗，仅仅是能缓解肛瘘的症状并不能达到根治的目的。所以只有手术才能治愈肛瘘，少数肛瘘可行瘘道切除术后一期缝合或游离植皮。