肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘恢复在饮食是比较重要的，首先饮食是流质饮食，高蛋白，高维生素饮食，主要包括蛋类，精肉或者是蛋白粉，多吃新鲜的蔬菜水果，包括香蕉，梨，苹果等，不要吃油腻的东西。
肛瘘手术以后会在恢复时间，大概在三周左右。具体恢复的时间不是固定的，要根据患者的免疫能力以及身体代谢情况进行判断，如果身体代谢免疫能力比较低下的情况下，通常需要三周左右能够愈合，身体代谢比较快的情况下，通常需要两周左右就会有所愈合。在做完肛瘘手术以后，要注意好下体的清洁，适当的进行清洁局部，避免出现细菌滋生。
安氏疗法。采用探针检查和双氧水灌注的方式，准确检查内口，这种科学的检查方式准确率高达99%，为下一步治疗提供依据。接着，对病灶部位进行治疗。对肛瘘的治疗采用微创的小切口，对主要的病灶部位切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯。