怀孕后卵巢囊肿建议疼痛手术进行治疗。
女性在妊娠期间由于盆腔充血，导致卵巢囊肿增大的比较快。如果是在怀孕的时候发现了囊肿，治疗的原则是从妊娠12周开始，到有手术指征的情况下，再继续观察。因为手术会导致流产等并发症，如果是在晚期，可以等到怀孕后再入院。剖宫产的时候，如果发现有卵巢囊肿，一般可以做手术。
怀孕后发现卵巢囊肿，若卵巢囊肿继续增大，体位改变或子宫挤压引起卵巢囊肿蒂扭转，腹部出现疼痛症状，需要进行手术治疗。
怀孕后发生卵巢囊肿常见于辅助生育的女性群体，因为辅助生育的患者，需要使用促排卵药物，而促排卵药会刺激卵巢，卵巢遭在受到过度得刺激后引起卵巢体积增大，从而形成卵巢囊肿。妊娠期卵巢囊肿患者出现急性腹痛，可能是由于卵巢破裂导致，应立即进行手术。
怀孕卵巢囊肿一般需观察孕十二周，因妊娠后亦可并发黄体囊肿。卵巢囊性肿瘤是一种罕见疾病。黄体囊肿可随妊娠持续而自行变小，甚至消失。若是有恶变的可能时必须立即就医检查。最近若发生良性囊肿伴出血，不是扭转破裂，也不是疑似恶性的。若是子宫内膜异位而引起不孕时必须立即就诊。无论妊娠哪期，均应积极手术，以免耽误病情。卵巢是孕育胎儿最重要的场所之一，而子宫则对卵子起着保护作用。妊娠12周以前，卵巢囊肿手术不容易，由于妊娠12周前胎盘尚未形成，无法产生充足孕激素，无法维持胚胎发育。此时子宫内膜已开始增生并有成熟细胞分泌出大量孕酮，这时若对胎儿已经发生影响，就应及时终止妊娠。
建议孕妇保持良好的心态，主要休息，主要合理饮食。
怀孕初期受激素影响有时候会出现卵巢囊肿，但是有的到三个月以后就会消失，即使存在一般也不影响胎儿，如果没有危及妊娠，可以等到分娩时选择剖宫产一起做手术，所以做好定期产检就可以了，加强营养，注意休息，有不适及时就诊。
女性怀孕以后部分人可能会出现黄体囊肿，属于生理性的，建议随诊观察，顺其自然，如果是卵巢囊肿合并怀孕，16周之前，如果没有明显的疼痛不适症状可以随诊观察，定期孕检，如果16周以后突然出现疼痛症状不排除卵巢囊肿破裂或蒂扭转，这种情况下就要住院手术治疗，可以选择腹腔镜下微创手术治疗，此时期的手术麻醉选择也要慎重，胎儿身体的各个器官基本形成，适量的麻醉药物，短时间的用药不会对胎儿有太大的影响。
妊娠发现卵巢囊肿，它的治疗要视孕期迟早而定、包块的尺寸及属性，及病人是否有病症。
早孕期间囊肿嵌在盆腔内，可导致流产，中期妊娠易合并蒂扭转，晚期妊娠，如果肿瘤很大就会引起胎位异常，分娩时会导致肿瘤破裂，如果肿瘤位置偏低，会梗阻产道，造成难产。
早孕并发卵巢囊肿，如在怀孕早期，卵巢囊肿直径在6厘米以下，可多为妊娠所致生理性囊肿，这类通常可在不治疗的情况下自然消退。如果囊肿一直延续到孕中期，未见萎缩，但亦不会增加，亦可在产后再行治疗。如果卵巢囊肿呈扩大趋势，或对恶性可能有较高疑虑者立即手术治疗。若妊娠期卵巢囊肿蒂扭转，还需马上做手术。