阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
肥胖导致阴茎短的小该需要合理减肥，还可以通过手术进行治疗。1、既然是因为肥胖症，那就一定要瘦，最重要的是，体重减轻了，阴茎附近的肥肉就会消退，露出的阴茎就会变大。2、如果出现了很严重的问题，或者多次的减肥不成功，需要做的是在做手术的时候，因为切除了大量的包皮，也会让阴茎变得比之前长。建议家长根据小孩的具体情况，选择合适的方式来处理。
一般情况下，男性的阴茎短小，可以在医生的指导下通过药物治疗、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
阴茎短是一种常见的诊断标准，成年男性的阴茎长度小于4cm，勃起时长度小于8cm。遗传因素、肥胖、雄性激素分泌下降、营养不良等都是导致阴茎短小的主要原因。比如加强营养、外源性雄激素（口服十一酸睾丸酮等）、减肥等。阴茎整形延长手术是由于生殖器畸形引起的阴茎短小。
如果出现了阴茎短小，往往和先天性的发育有直接的关系。可以考虑及时的到医院进行阴茎延长手术，阴茎的长度可以明显的改善。如果患者阴茎的长度大于10厘米是属于完全正常的。
阴茎细而短小考虑是发育的问题，成年男子成熟期是18周岁基本发育就差不多了，阴茎不能二次发育，如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，属于阴茎短小，年龄不大，可以再观察两年，如果没有实质性的改善，再考虑手术治疗。
主要考虑是发育异常，或者是龟头过于敏感导致的，可以通过饮食来进行调节，以后建议可以多吃点羊肉，牛肉，狗肉，以及这些动物的睾丸，韭菜，枸杞来进行调理，也可以加强对阴茎方面的锻炼，比如可以反复的刺激，揉搓，按摩阴茎，对于阴茎的增长有一定帮助。平时建议要加强锻炼身体，多做有氧运动，比如爬山跑步打球之类的运动，增强机体耐力，也有助于改善早泄的症状。